Поводом для строительства храма послужило чудесное спасение императора Александра III с семьей 17 октября 1888 г. при крушении поезда в Борках под Харьковом. Строительство храма на 1400 человек велось в 1887-1889 гг. Архитекторы: В. А. Косяков, Б. К. Правдзик. В проекте были соблюдены все каноны планировки православного храма типа «корабль»: постройка вытянута с запада на восток и состоит последовательно из паперти, колокольни с притвором, трапезной, ядра храма, главного алтаря с примыкающей к апсиде с востока часовней и двумя приделами. Храм хорошо виден с Обводного канала, с Екатерингофки, с островов.
В 1935 г. церковь была закрыта. Здание сильно пострадало во время Великой Отечественной войны. В 1991 г. храм возвращен верующим. С 1992 г. по настоящее время ведутся ремонтно-реставрационные работы. Очищены наружные стены, восстановлены купола и кованые решетки окон. Реставрируется настенная живопись. Продолжаются работы по созданию иконостаса. В церкви проводятся регулярные богослужения.
