Во всех туристических проспектах указано, что построил церковь Яков Перрен, который является также архитектором Адмиралтейства. В некоторых источниках пишут еще проще: Яков Перрен, который строил Адмиралтейство. Здесь необходимо внести уточнение. Первая, деревянная, церковь в крепости Роченсальм была построена в 1792 году. Новое кирпичное здание церкви в стиле неоклассицизма строилось с 1799 по 1801 год по проекту архитектора Якова Перрена (Jakov Perrin). По данным Большой биографической академии Jakov Perrin (1750 – 1800) жил в Петербурге и дослужился до 8 класса. Указан один, построенный им, проект - церковь во имя Святой Живоначальной Троицы в Галерной гавани Санкт-Петербурга, которая до наших дней не уцелела.
Яков Перрен действительно служил при Адмиралтействе, но никак не строил его. Адмиралтейство, включая окружающие территории, в 18 веке неоднократно перестраивалось и достраивалось. Во второй половине 18 века здесь осуществлялись работы по упорядочиванию прилегающих территорий. Какие-то из этих работ, очевидно, и выполнял Яков Перрен. Увидеть окончание строительства храма в крепости Роченсальм ему не удалось: Перрен умер в 1800 году, и строительство возглавил архитектор Миллер, его коллега по службе в Адмиралтействе.
Церковь строилась для солдат, офицеров и их семей, которые жили и служили в военной крепости Роченсальм. Вместе с людьми храм пережил упадок и забвение, наступившие после того, как в 1809 году Финляндия вошла в состав России, и необходимость в линии Суворовских оборонительных крепостей, в том числе Роченсальма, отпала.
Лишь чудом она осталась неповрежденной во время Крымской войны в 1855 году, и за всё время своего существования пострадала лишь однажды. Во время Второй мировой войны в Котке базировался немецкий флот, вследствие чего город подвергался бомбардировкам советской авиации. Во время одного из авианалетов бомба разрушила колокольню. Её восстановили уже после войны.
