Точное время появления первой православной церкви в Люблине доподлинно неизвестно, однако Холмская и Люблинская епархия действовала с 1285 года. В 1586 году в Люблине было создано православное братство Преображения Господня, в следующем году было начато строительство деревянной церкви. Дата окончания строительства неизвестна, вероятно оно было завершено в начале XVII века. Почти сразу после постройки храм был сожжён, из огня спасён был только иконостас.
Вскоре было начато строительство каменного храма которое продолжалось 26 лет. Столь долгое строительство связано вероятно с противостоянием православных и униатов. В 1596 году епископ Холмской епархии Дионисий поддержал Брестскую унию, что вызвало огромное волнение, как впрочем и в других епархиях поддержавших верховенство Папы. После постройки долгие годы велись споры среди духовенства и прихожан, в гражданском суде Люблина неоднократно проходили суды между православными и униатами.
В 1633 году избранный король Владислав IV подтвердил право на существование Православной церкви в Речи Посполитой, король обещал личную помощь православным в городе, а также вывести церковь из под юрисдикции униатов. В том же году Киевский митрополит Пётр Могила освятил храм. Несмотря на уверения короля в 1635 году храм вновь был захвачен униатами. До 1695 года церковь ещё несколько раз переходила к православным после заступничества русинской православной знати перед королём, но вновь захватывался сторонниками унии. В 1695 году, после уменьшения православной паствы, а также ополячиванию православной русинской знати храм перешёл в униатство. Немногие оставшиеся верными православию приняли участи в строительстве греческого храма в 1785 году
