В 1834 году было решено создать близ Вольских укреплений православное кладбище. Первым был погребен варшавский военный губернатор генерал Н. П. Панкратьев (1788—1836). В 1838 кладбище было передано в духовное ведомство, а его официальное открытие совпало с освящением Владимирской церкви, переделанном из католического костёла. Однако церковь была неудобной — в ней было холодно и сыро, она не отличалась внешней красотой, к тому же её алтарь был обращен на Запад.
Поводом для постройки нового храма стал печальный случай — преждевременная кончина художника Ивана Ильича Экземплярского, сына архиепископа Варшавского и Привислинского Иеронима (Экземлярского), последовавшая 8 августа 1902 в Пятигорске. Архиепископ задумал посвятить памяти сына новый храм в Варшаве. Он выбрал и приобрел участок площадью в один гектар, к востоку от старого кладбища.
28 июня 1903 состоялась закладка нового храма. В его основание была, после заупокойной литургии, положена серебряная доска «на вечное поминовение души усопшего раба Божия Иоанна». Проект здания на 200 человек с усыпальницей в нижнем этаже и крытой галереей составил в ростовском стиле XV—XVI веков епархиальный архитектор Владимир Николаевич Покровский. Он наблюдал за строительством, которое вёл подрядчик Поплавский. Стоимость постройки составила около 40 тыс. руб.
Храм был освящён 15 октября 1905 года епископом Иеронимом и тогда тела И. И. Экземплярского перенесено из временной усыпальницы в крипту. Архиепископ Иероним скончался через две недели и был похоронен возле сына.
Через год была готова нижняя церковь святых Илии и Иеронима, и 16 ноября 1906 году её освятил епископ Холмский Евлогий (Георгиевский) в сослужении ректора Холмской семинарии архимандрита Дионисия (Валединского).
Во время первой мировой войны все православные священники при отступлении русских войск были в 1915 году эвакуированы из Варшавы. Кладбище несколько лет подвергалось разграблению. Церковь святого Иоанна Лествичника осталась закрытой, пока не прибыл священник Иоанн (Коваленко), который построил в 1931 году колокольню.
Во время обороны Варшавы в сентябре 1939 года церковь стала убежищем для населения Варшавы. Во время Варшавского восстания 1944 года был убит приходской архимандрит Феофан (Протасевич) и священник Антон Калишевич со своей семьёй, члены приходского хора и люди, живущие по соседству с церковью.
В 1977—1978 произведены ремонт и расширение нижнего храма и хоров верхней церкви. В 1983 году к востоку от кладбища построен новый приходской дом с канцелярией и залом для собраний. В 1973—1980 году верхний храм был расписан фресками и украшен витражами по проекту проф. Адама Сталены-Добжанского; росписи — в нижнем исполнил известный художник проф. Ежи Новосельский из Кракова. В память Тысячелетия Крещения Руси была возведена новая колокольня по проекту М. и В. Сандовичей.
Карта
59.9342802,30.3350986